工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
自幼与文学结缘的美丽女孩天野远子（花泽香菜 配音），拥有常人不曾知晓的秘密。她从小对文学具有极高的鉴赏“品味”，只要将书页撕下塞入口中，优秀的文学作品便会转化为无上美味滋润着远子的舌尖与心田。初中三年级，失去双亲的远子寄居在父母的友人櫻井叶子阿姨（三石琴乃 配音）家中，与青梅竹马櫻井流人（宮野真守 配音）过着为文学和校园生活环绕的每一天。在父亲当初供职的编辑部打工时，她偶然从新人奖文学竞赛的落选作品中发现一颗名为《宛如青空》的遗珠。在远子大力推荐下，该小说极其神秘作者井上美羽终于为世人所熟知，而她也即将和那个人实现宿命般的邂逅…… 本片根据野村美月的同名轻小说原作改编。
时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”
