工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
新作“Extra Stage2～旅立ちのグリーン～”的主要角色为池谷浩一郎和佐藤真子。半年前，池谷和其心仪的真子有个约会，可池谷却因迟到而没有见到真子，有着如此悲痛过去的池谷没有机会道歉，而半年时间就这样过去……故事发生在藤原拓海所属车队ProjectD与东堂塾在盐谷比赛的时候，池谷在关越自动车道的服务区偶然和碓冰峠最强组合“真子&沙雪”再会。因半年前的迟到而耿耿于怀的池谷这次终于下定决心要和真子道歉，可真子却先说有话要和池谷说，于是两人再次约定相见。当日，池谷为了不再重滔复撤而提前2个小时达到约定的地方，这时池谷遇上了一名迷路的老人。出于良心他送老人到了北轻井泽，而倒霉的池谷的车行至旧碓井峠的时候却发生爆胎事故。那么最终池谷能否和真子见面呢？……
故事主要讲述了就读于圣克罗尼亚学园高中部的溷血儿羽濑川小鹰，在某一天看到了美少女三日月夜空一个人愉悦地说着话，之后两人便开始聊起关于如何交朋友的话题。而没想到夜空建立了一个以交朋友为目的问题社团──邻人部，各种问题美少女先后申请入社。就这样这部残念系青春恋爱喜剧拉开帷幕了……
