收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
故事发生在遥远的“猪猡纪”，那是一个由猪统治地球的年代。那时，小动物们对地球上各种资源开始了无节制地开采，导致整个地球乌烟瘴气，自然环境受到严重破坏。为了保护环境，扭转地球生态恶劣的局面，“猪猪侠”克服重重困难，终于研制出了一个具有神秘力量的“魔法智慧球”，自己却陷入到三千年才可轮回转世的魔咒当中，离开了人世。 他把“魔法智慧球”交付给了当时身份是厨师的王小二，并叮嘱他一定要完成拯救地球环境的使命。然而后来王小二背信弃义，利用“魔法智慧球”开创自己的王国，对地球环境的破坏更是变本加厉，人类生存苦不堪言。
