随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
白巳津川市。 学園都市であること以外になんの特色もない街。 観光客を呼び込もうと町興しに励んでいるが、どれも不発。 しかし、思わぬ形で世間の注目を集めることになった。 ぶっきらぼうな態度をとりがちだが責任感が強く行動力のある頼れる青年。新海翔。 普通の学生らしい平穏な生活を送っていたが、白蛇九十九神社の神器が破損したことをきっかけに、翔の⽇常に変化が訪れる。 その影には、異能に目覚めた少年少女たちの姿があった。 なんの特色も無い街に住む、なんの変哲もない平凡な学生のはずだったが。 異能者たちが巻き起こす数奇な運命に巻き込まれて……。
