摄影师工藤太郎在坐飞机的途中发现一架太空囊坠入大海，那正是4个月前离奇失踪的无人木星探测器赫利俄斯7号。回国后的工藤接到陪同开发公司调查队前往塞吉欧岛的工作，而塞吉欧岛正位于赫利俄斯7号坠落地点的附近……
　　另一方面，塞吉欧岛突然出现巨大的怪兽，这一切似乎和赫利俄斯7号有关……

　　这部灾难影片背景以现代日本为中心，主要描写东京突然被一股莫名的浓雾所笼罩，整个都会好像一下子消失了似的，各地政府及科研人员因此极为震惊，急忙组织起来研究对策。但是人们却无法穿越浓雾进入东京首都圈。这场浓雾形成了一个无法穿越的电磁屏障。而圈外的科学家们则在受损严重的军用侦察机上得到灵感，利用即将到来的台风和雷暴雨，加上人工大功率电磁干扰机，终于化解了这场戏剧般的非自然危机。
　　这原本该是一个不错的富有戏剧张力的构思，但拍出来的片子却教人不敢叫好，剧中女记者的角色刻划不具感染力，而她和男记者之间时好时坏的关系描写也让人感觉莫名其妙，确是让观众感觉象一场雾。

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！