当积雪完全融化后，关东地区的飚车手之间渐渐流传起了一个传闻，在Internet上出现了一个由群马的飚车手所建立的网站，向整个关东地区征集对手并扬言要达成“关东最速计划”，甚至还十分专业地把赛道等资料罗列出来，该网站也就是那个车队的名字叫做“Project D”！
　　枥木县S市“SEVEAN STARS”车队便是“D计划”远征的第一站。末次澈是“SEVEAN STARS”下山道最快的车手，也是个非常有趣的人。为了备战他特意向女友借钱购置新轮胎，结果女友生气地警告他如果输了的话就要放弃赛车，为两人的将来好好做打算。终于到了周末，出现在末次他们眼前的是黑白相间的86、黄色的FD以及一台印着“Project D”的白色面包车。

　　浅仓咲良（仓悠贵饰）和永濑佑真（水泽林太郎饰）是高三学生。小学、初中、高中，两人总是在一起，应该是无可替代的挚友。但是，高中的最后一个夏天，迎来了必须决定前进道路的季节，咲良抱着对佑真一直说不出口的“心情”。在这样的情况下，夏日的太阳和最后的暑假这段时间驱使着咲良。佑真兴奋地说:“好了，最后做点什么吧。”咲良突然与他接吻了。@哦撸马（阿点）

　　拥有四万公顷山林和土地、价值七百亿日元的82岁老妇人柳川敏子被三个胆大妄为的年轻人诱拐、劫持。三人提出老人的赎身价为五千万日元，柳川敏子勃然大怒：“痛痛快快要一百亿好了，也免得给后代们丢脸。”不知所措的年轻人反而央求柳川把数额减少一些，决不让步的柳川则开始信心十足地指挥起这场“诱拐战”。警察局长井狩要求通过电视现场直播让柳川与家人见面，以确认其是否安全。柳川则巧妙地指挥电视转播车开到隔谷相见的山间，通过电视指示家人将山林和土地变卖筹款。一百亿日元装上了直升机，柳川又声东击西甩开警察，指挥飞机将钱运到了指定的地点。安全回到家中的柳川内心所感慨的其实是：当自己死后，财产的70%将作为继承税被国家白白掠去，而被拐走一百亿就可以使一百亿财产不被征税。这也就是她利用被诱拐的机会假戏真做的真正原因。

　　在一个迥异鬼魅的社会，上百层的高楼大厦拔地而起，俨然构筑了一个全然封闭的城市乡镇。居住在138层的女子高中生藤崎（藤崎露琪诺 饰）此前很长时间没有去学校，这一天她乘坐交通工具“移动机筒”赶往学校，不同身份的乘客相继走入，带着各异的目的去往他们的楼层。谁知意外毫无征兆发生，移动机筒因爆炸事故突然停止运行。突如其来的状况，让所有人的命运发生转变。原本甘心受戮的死囚犯仿佛窥到一线生机，因此展开拼死搏杀。逼仄的轿厢内，人间地狱骤然降临。
　　在此过程中，藤崎好像发现自己拥有某种奇特的能力，而她的命运也变得愈加扑朔迷离……

　　14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
　　本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。