电影聚焦于导致清除计划发生的原因，讲述了由于人口膨胀，社会问题加剧，一个名为New Founding Fathers of America的组织进行了一种社会学理论测试，即在某一孤立的社区进行为时一晚的发泄、攻击、侵略，促成社区人们之间的相互残杀。这一制度在全美推广，一时间马路街道都成为了杀戮的战场。故事的荒谬性吸引了大量观众，第一年的杀戮日就要降临，恶魔们都已经准备好了。

　　故事紧接《人类清除计划3》。从贩毒集团手中脱逃的阿德拉与丈夫胡安自墨西哥来到美国得克萨斯州生活，后者在塔克家族的牧场工作。胡安深受塔克一家的族长，凯莱布的赏识，但这也让凯莱布之子迪伦心生妒忌。但在一年一度的“人类清除计划”过后的早上，一支地下组织意图将杀戮继续进行下去，让全美陷入狂乱之中。包括迪伦妻子和妹妹在内的塔克一家也遭受波及，迫使众人联合起来对付暴徒，并设法逃入开放边境仅有六小时的墨西哥。

　　Towani一家乘坐的星际巡洋舰在恩多卫星上坠毁了。Towani家的爸爸和妈妈和他们的两个孩子Mace与Cindel失散了。伊渥克族人——恩多卫星上的土著——找到了这两个孩子。尽管孩子们与伊渥克族的交流起初非常困难，Mace和Cindel最终还是说服了伊渥克族人帮助找寻他们的父母。

　　由国王Terak和女巫Charal所带领的掠夺者军队袭击了伊渥克族人的村庄。Cindel的父母和兄弟全都死于这场袭击。Cindel与一个伊渥克族人Wicket逃了出来。在一片森林里，他们遇见了Teek这只非常淘气也非常敏捷的野兽。Teek把他们二人带来一位老人Noa的住处。而这位Noa有着与Cindel相似的经历——他乘坐的星际巡洋舰也坠毁在了恩多上。大家齐心合力对抗Terak和Charal。

　　电影讲述了小女孩美子的故事，她必须以身涉险阻止强大的跨国公司绑架自己最好的朋友 — 巨兽“玉子”。

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

　　电影讲述了外星共生体“毒液”与宿主埃迪（汤姆·哈迪 饰）这对“最佳拍档”遇上致命反派共生体“卡内奇”（伍迪·哈里森 饰），超级英雄和邪恶反派的宿命之战即将开始。

　　公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。
　　是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。
　　本作根据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，系剧情不变、画面完全重制的作品。