小兔她们现在已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。首先被心魔袭击的人就是小丽，其它战士想救她，但这次的敌人太强，众人不敌。突然有两位神秘的新战士出现，消灭心魔，她们的目的也是找寻心能水晶。小兔和小卫的爱产生了新的月棱镜，小兔获得更强大的新力量，对抗逼近的新敌人。阿兔她们认识了两个读无限学园高中一年级的新朋友 -- 打扮像男生的天才赛车手天王遥和高贵优雅的小提琴家海王满，众人都被她俩的风采迷倒了。神秘的新战士正式登场，原来是水手服战士水手天王星和水手海王星，不过她们的力量比内部战士强，而作战方式也很不同。转眼来到六月，小兔的生日到了，她想要一对玻璃鞋作生日礼物，小卫竟然不知道小兔快生日了，气得小兔掴了他一记耳光。在众人的提点下，小卫跑去买了那对玻璃鞋，小兔也去找小卫道歉。两人在街上相遇，小卫替小兔穿上玻璃鞋，心魔却在此时出现，要夺走小兔的纯真之心。混乱中，敌人嘉安莉兰特拾到小兔的月棱镜，知道小兔的真正身份，她捉住夜礼服假面，要胁小兔。小兔来到东京铁塔，为救小卫正准备交出纯真之心，水手天王星和水手海王星出现救了她。嘉安莉兰特揭穿小兔就是水手月亮，众人正惊讶，水手金星假扮水手月亮和其余战士出现，骗倒嘉安莉兰特。嘉安莉兰特攻击水手天王星和水手海王星，水手月亮说服大家齐心协力，拯救她们两人，终于战胜了嘉安莉兰特。
　　小小兔从未来回到现代，说是新倩妮迪女王要她来这里修炼。内部战士中，现在只剩美奈子从未成为心魔目标，她为了证明自己也拥有纯真之心，于是不断捐血，希望成为心魔目标。她的举动令众人担心不已，连小遥和小满也留意着她。终于心魔出现，取出美奈子的内心结晶，有惊人意志的美奈子竟然抱着自己的内心结晶跑到无人的地下停车场，小兔、小遥和小满追着她来到停车场，然后心魔就把各出入口封闭了。阿兔为救美奈子，被逼在敌人尤迪爱和小遥、小满面前变身，不过她仍不敌心魔。眼看美奈子的内心结晶要被拿走，小遥和小满也忍不住变身，成为水手天王星和水手海王星，救回美奈子。其它战士已到门外，尤迪爱以美奈子的性命作要胁，正要攻击时，美奈子也变身了，于是所有人的身份都暴露了。尤迪爱找到拥有心能水晶的人，于是约小遥和小满到水上大教堂。教堂内，尤迪爱捉住水手海王星，把她打到重伤，并取出她的内心结晶，第一粒塔利斯曼出现，再变成深海镜，水手海王星倒下。水手天王星把自己的塔利斯曼--宇宙剑取出，交给赶到的水手月亮后，也倒下了。尤迪爱抢走深海镜和宇宙剑，并攻击水手月亮。神秘女子冥王雪奈突然出现，变身成水手冥王星，用第三粒心能水晶 -- 权杖上的宝石拿回宇宙剑和深海镜，塔利斯曼再次回到水手天王星和水手海王星的身体，三人的力量令圣杯出现。水手月亮和尤迪爱去抢圣杯，水手月亮夺得圣杯，进行二段变身，轻易就打败了尤迪爱。
　　敌人和外部战士都发现水手月亮不是救世主，于是外部三战士的新任务就是要找出救世主。战士们认识了土萌萤，她是无限学园教授土萌创一的女儿，身体不好。土萌教授其实是死亡变种的高级干部，而无限学园就是死亡变种的大本营。小萤的身体好像有另一个人一样，常常不受控制，说出一些奇怪的话，又拥有医治创伤的神秘力量。小小兔和小萤非常要好，内部战士们也赞成她们做朋友，只是外部战士对小萤的力量存有怀疑。在一次战斗中，心魔的攻击打中小萤，小萤的额头上出现土星标记，证实了她就是毁灭战士水手土星。外部战士怕她会毁灭世界，想阻止她觉醒，但已经太迟了，她的身体已被死亡变种占据，吞下了小小兔的内心结晶后，变成了女主人9。一连串的事件，指出了无限学园就是死亡变种总部，众人于是向无限学园进发，迎战逼近的黑暗……

　　在这次的故事中，火星娃和他的小伙伴们一起驾驶机器人，与魔狼军团进行了新一轮的战斗。自从魔晶岛的历险之后两年，小星和阿左等人都回到了现代的地球，在阿左居住的城市中平静的生活着。大家都以为从此可以过上安静平和的生活。谁知，来自火星的侵略者魔狼和他的手下邪恶博士伽玛、爪牙肥蛋、大头鸡等依然潜伏在地球上。他们以一家生产玩具的工厂为掩护，实则却在地下建立了一个秘密的基地。这些邪恶的入侵者觊觎着不知隐藏在何处的神秘魔力水晶，妄图凭借着魔力水晶的力量实现自己统治全宇宙的野心。

　　守护者马丽娜失去了奇迹宝盒以及宝盒里的精灵！如今的马丽娜只剩下奇迹米可幻奇，艾俊也只剩下自己的黑猫米可幻奇。马丽娜十分自责，对自己守护者的身份和能力产生了质疑。没有了宝盒中的其它米可幻奇，超级英雄小分队再也无法一并作战，而他们的敌人却变得更加强大。影魔蝶如今称呼自己为魔煞，拿到奇迹宝盒的他与最终的胜利咫尺之遥。在掠夺过来的米可幻奇超能力的加持下，魔煞的战斗力有了极大的提升。他还打造了全民"联盟"戒指计划，企图通过这个智能设备获取奇迹少女和黑猫罗尔的蛛丝马迹。魔煞把米可幻奇能量赋予被他黑化的人，制造出更强大的超能反派。两位英雄主角孤身奋战，但他们将会比以往任何时候都更加团结。他们该如何打败强大的魔煞以及超能反派？

　　《万界神主》第109集即为《万界神主 第三季》第1集。
　　身为古神的叶辰从神境世界陨落到了苍蓝世界，这里百州千国林立，豪强争霸，叶辰在这个苍蓝世界呆了数百年，建立了庞大的势力。在百州千国，叶辰的存在一直都是一个传说。但是来自神境世界的力量慢慢地延伸到了苍蓝世界，一场残酷的龙争虎斗即将开展。南州都城，天北国第一战将洪旭与南州双月 门门主武隆二人在花神宫外比武，却不料败在花神宫丫鬟组小组长苏小小的手中，众人震惊。北狄大军出现在了南州东部，欲破南州。守将不顾南州百姓安危与斩风的劝阻，打算打开城门投降。花神宫宫主澹台月及时出现，以将北狄灭国为威胁，逼退率领北狄大军的雷帅。苏小小让武隆和斩风前往花神宫外门打杂。为了阻止战争的爆发，叶辰孤身一人前往北狄的途中，遇到了圣女——慕清雪跟他的随从。数百之多的北狄狼骑突然出现，将他们的去路完全封死。叶辰出手，打败了北狄的将军和狼骑，救下了慕清雪一行人。漫山遍野的火焰将他们包围在了雪地之中。叶辰急忙逃离，顺便带走了慕清雪。北狄国主托尔克汗为了花神宫一事，前往神冢祭坛，寻求老国师的帮助。老国师令托尔克汗持他的信笺，前往昊天宗，请昊天宗宗主出山。慕清雪回到了自己的家园当中，却发现自己的家园已经被摧毁。叶辰将慕清雪带入了先祖古墓之中。叶辰与慕清雪二人在洞穴之内发现了一艘拥有智慧的远古飞船——若琪。安琪和若琪在穿梭暗域世界的时候，被噬灵偷袭，生死不明。只有找到七份生命契约，这样才能让安琪复活。叶辰使用空间神力救助了大祭司。昊天宗等人闯入月影山庄，将一众花神宫的子弟杀害。苏小小出手，将昊天宗的执事打倒在地。谛听与苏小小等人对战。苏小小打算带上门人后撤。一路追踪苏小小等人的谛听，遇上了叶辰，反被打败。昊天宗毁了叶辰的月影山庄之后，手下死伤惨重。澹台月展开反击，不惜动用炼魂碎魄大阵，叶辰出手，将昊天宗宗主严鸿击败。而后叶辰才得知，昊天宗的幕后黑手其实是风雪女神安雪。叶辰和他的朋友们跟安雪斗智斗勇，并最终拯救了整个世界。