《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
故事发生在水果世界之中。曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙，他们分别是天下无贼（李团 配音）、乱臣贼子（赵然 配音）、认贼作父和贼眉鼠眼（鞠月斌 饰）。每当工厂需要生产果汁时，四人便会触动抓来水果村的村民们将它们作为原料。 英雄（赵然 配音）和无极（陈铁 配音）是果冻学园里两位德高望重的师父，他们深入敌后想要制服老板，却反而落入了陷阱之中。橙留香（陆双 配音）、菠萝吹雪（祖晴 配音）和陆小果（王巍 配音）三剑客为了拯救师父而踏上了旅途。
灾难后的星球上，少年夜雨为追求梦想，奔赴余烬城考核。他面临重重杀机与谜团，而背后的真相扑朔迷离。
