《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
大三学生叶不凡，为了给母亲筹集医药费碰瓷，不料遇到不按套路出牌的女司机，被撞之后的叶不凡无意中穿越到幻境，获得了古医门的传承，从此精通医术、修炼功法，获得无数美女青睐。
十二生肖制服水灵后，得以归位掌管纪年。升仙后，玉帝为十二生肖请来天师，教授各种本领与知识。但十二生肖自恃立下汗马功劳便惰性又生，在天庭中过着自由散漫、不学无术的生活。这种情况被巡视天庭的二郎神逮个正着，并上奏了玉帝。恰逢旁朝进贡，玉帝得到一本天书，书中阐述的道理让玉帝大为震惊和赞同。为了让十二生肖能够帮助自己长久治理天地年轮，玉帝准备将十二生肖全部从“沉鱼落雁”潭打下凡尘。青云帝和墨颉得到消息后赶来为十二生肖求情，玉帝拒绝宽恕十二生肖的同时，同意了墨颉通过时盘记分的方式在十二生肖凡间领悟修行圆满时再召回的建议。
