Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
Hiiragi七彩虹香味(刺叶桂花 na直接是)从大制药公司部分地发展独立的公司组织CRI做着调香师(perfumer)的工作。她调剂的香水里面，有几个已经被作为安全作品在世间被送出。由于那个缘故，公司给予了专用的研究室，饱享着在漂亮打扮的4LDK高级公寓的一个人的生活。但是，那样的她却有着另外的一个脸。那个脸是某秘密调查组织的首位代理商。她经常用单独行动来处理使节，连那个完美的行动风格的其中，享受一种危险，那样来显现出来。那样的她，有一日，突然hyumaritto『丁香』被送。象由于组织的命令丁香强制地组合搭档一样地被命令的七彩虹香味。一边闭口无言超过丁香的人的惊异性的能力，被那个反面不能理解的行动等一边播弄一边处理使节。
