Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
孤苦無依的花右京太郎，到东京附近的某座山上去投靠传说中的爷爷，当他爬上山顶还在想象过着神仙般清淡生活的爷爷家是如何的时候，眼前出现了一片辉煌的人工建筑，说是皇宫也毫不过分吧！然后，眼前尘土飞扬，再一片惊叫声中，花右京女侍队登场了！在整一个集团军似的女侍队的迎接中，太郎缺开始变身了，发红，发蓝，发绿…… 原来他竟然有不能靠近女生的体质！原来，当年花右京太郎的妈妈为了爱情和穷画家老爸私奔，跟爷爷脱离关系。天知道这个爷爷竟然是個超級有钱人，丟著一大票「女侍队」要太郎接收，自己卻落跑去玩了。所谓的「女侍队」，是为了要服侍花右京家的主人而存在，可谓是无微不至。太郎吃饭什么的就不说了，方便、洗澡、睡觉的时候都有三胞胎姐妹随时报到，这的确是有些过火。然而当太郎提出异议的时候，那帮“可怜”的女佣们就用她们会因此而下岗失业作为理由来要挟，看似什么都不懂的太郎竟然也会想象她们失业以后的生活（比如做女郎），于是乎，他也就不得不“体贴”地接受女侍们的热情招待……
