Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
神崎堇因为灵力丧失决定退出花组，回到神崎重工。
像少女漫画里那种酸甜的恋爱，肯定不会降临到我身上……因为我是对自己的外貌没有自信、不受欢迎的女高中生田端花。 花虽然憧憬着像少女漫画般的恋爱，但由于她总是消极思考，常常在教室的角落里默默度过时光。她的高中生活因清晨在教室被校园等级顶层的帅哥上野阳介目睹了“尴尬的一幕”而发生了改变！以教室里的那件事为契机，阳介和同学们开始有了更多交流，花周围渐渐热闹起来！孤独的丧女高中生迎来了春天的预感！？搞笑之中再搞笑，偶尔心跳加速的新型校园恋爱喜剧，正式开课！！
